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東アジアでは古来、歴史的に「天子の住む都」「首都」を意味する普通名詞として京（きょう）、京師（けいし）が多く使用されたが、西晋では司馬師の諱である「師」の文字を避け、京師を京都と言うようになった。日本でも飛鳥京や恭仁京などが京都とも呼ばれた。平安京は当初から京都とも呼ばれたが、定着したのは平安後期からで、京や京師と併用された。その後、次第に「京の都」「京都」が都市の固有名詞のようになった。


京都と洛陽
古く京都は、しばしば中国王朝の都となった洛陽に因み、京洛、洛中、洛陽などといわれた。元々は平安京を東西に分割し、西側（右京）を「長安」、東側（左京）を「洛陽」と呼んでいた。ところが、右京すなわち「長安」側は湿地帯が多かったことなどから程なく廃れ、市街地は実質的に左京すなわち「洛陽」だけとなった。このため京都を「洛陽」と呼ぶようになった。京の都に上ることを上京、上洛と言う。現在でも京都以外の地方（含東京）から京都へ行くことを「上洛する」「入洛する」ということが少なくない。

1867年11月9日（慶応3年）の大政奉還により、統治権が幕府から京都の朝廷に返上されて新政府が誕生した。京都には京都府が置かれた。しかし天皇が江戸で直接政治をみるため、江戸を東京として行幸・滞在（東京行幸）することになり、太政官（政府）も移動された（東京奠都参照）。その後京都への還幸は延期され、明治天皇は1877年（明治10年）に京都御所の保存を命じた。

1879年（明治12年）には郡区町村編制法により、京都に上京区と下京区の2区が置かれ、続いて1889年（明治22年）に上京区・下京区は府管轄下の「京都市」となった。現在の京都市は、伏見市をはじめとする周辺の市町村を編入したため、江戸時代以前からの伝統的な「京都」の範囲は、現在の京都市内の一部に過ぎない。

現在は世界有数の観光都市。神社仏閣の本山を多数擁する。なお、現在、名所・旧跡に立てられている案内碑は、そのほとんどが明治維新後に推定で置かれたものであり、必ずしも、実際の所在地と一致はしていない。